Dua tema besar dalam Injil Markus adalah tentang kerahasiaan Yesus sebagai Mesias dan kelambanan murid-muridnya untuk memahaminya. Dalam Injil ini, Yesus sering dikutip memerintahkan murid-muridnya untuk tidak memberitahu siapapun identitasnya (sebagai Mesias).

Yesus menggunakan perumpamaan untuk menyampaikan pesan-pesannya. Seringkali, murid-muridnya kesulitan menangkap maksud dari perumpamaan-perumpamaan tersebut, dan Yesus menjelaskannya kepada mereka secara pribadi. Murid-muridnya juga sering kali tidak dapat memahami arti mujizat yang dilakukan oleh Yesus.